Né à Arleux (Flandre), le 30 octobre 1754.
Fils d'un cultivateur, il devint avocat et fut jurisconsulte distingué. Député aux États généraux, il siégea parmi les Montagnards à la Convention, fut ministre de la Police sous le Directoire et ministre d’État sous l'Empire. Membre du Directoire de 1797 à 1799, procureur général à la Cour de cassation sous le Consulat, il conserva ce poste pendant treize années ; Merlin fut comte de l'Empire et grand officier de la Légion d'honneur.
Il fit partie de l'Institut de 1795 dans la classe des Sciences morales et politiques ; à la réorganisation de 1803, il fut nommé dans la seconde classe et occupa le fauteuil du maréchal prince de Beauvau ; il reçut Népomucène Lemercier. Il fut exclu de l'Académie et exilé par l'ordonnance de 1816, et remplacé par le comte Ferrand. Il rentra en France en 1830 et fut nommé membre de l'Académie des Sciences morales et politiques, à sa reconstitution en 1832.
Mignet a écrit sur lui une notice.
Mort le 26 décembre 1838.