Né à Fléchin-en-Artois, le 27 décembre 1857.
Issu d’une famille bourgeoise du Nord, Charles Jonnart fit ses études à Saint-Omer, puis à Paris, à la faculté de droit. Séduit par l’Algérie qu’il avait visité jeune homme, il fut nommé en 1881, par Gambetta, au cabinet du gouverneur général de l’Algérie.
Entamant une carrière politique, il fut élu en 1886 conseiller général de Saint-Omer, puis en 1889, député du Pas-de-Calais. Il se distingua à la Chambre par ses fréquentes interventions sur les questions coloniales touchant notamment à l’organisation de l’Algérie. Choisi en 1893 par Casimir Périer pour occuper le poste de ministre des Travaux publics, il fut élu en 1894 sénateur du Pas-de-Calais.
En 1903, il allait retrouver l’Algérie, où il fut nommé gouverneur général. Il contribua à accélérer la carrière du futur maréchal Lyautey. Celui-ci, qui n’était encore que colonel, fut promu général et se vit confier par Jonnart l’exécution de la politique algéro-marocaine.
En 1911, étant revenu en métropole pour siéger de nouveau au parlement, Charles Jonnart fut nommé, à la veille de la guerre, ministre des Affaires étrangères dans le cabinet Briand. Pendant la Première Guerre mondiale, il fut au Sénat rapporteur de la commission des Affaires étrangères. Puis les puissances alliées le choisirent comme mandataire auprès du roi Constantin de Grèce, pour contraindre ce dernier à abdiquer.
Après la guerre, il fut nommé ambassadeur de France près le Saint-Siège, avec la mission délicate de renouer les relations diplomatiques avec le Vatican.
Ces missions d’importance témoignent de la valeur de Charles Jonnart, lequel fut à sa manière l’une des grandes figures de la IIIe République.
Son seul tort au yeux de certains fut sans doute d’avoir été préféré à Charles Maurras par les Académiciens qui l’élurent le 19 avril 1923, par 16 voix, au fauteuil de Paul Deschanel. Le scrutin fut un des plus tumultueux de l’histoire de l’Académie française. Bien que n’ayant pas d’œuvre littéraire, Jonnart, dit-on, triompha, après quatre tours, de Maurras et Fernand Gregh, parce que la nouvelle venait de se répandre que le Vatican reconnaissait enfin le statut des biens de l’Église de France. Pour se venger, l’Action française fit dérober les bulletins de vote et publia la liste des académiciens qui avaient voté pour le diplomate. C’est à dater de cet épisode qu’on décida de brûler les bulletins, immédiatement après le scrutin.
Charles Jonnart, qui était membre de l’Académie des Sciences morales depuis 1918, fut reçu le 15 janvier 1925 — lors d’une séance que vinrent encore troubler les camelots du roi, partisans de Charles Maurras — par Mgr Baudrillart. Celui-ci rendit hommage à son nouveau confrère en célébrant les trois belles pages d’Histoire que Jonnart avait écrites : colonial, politique et religieuse
Mort le 30 septembre 1927.