On se gardera bien de confondre ces deux homonymes, très éloignés par le sens, mais qui ne diffèrent dans l’écriture que par un accent. Le nom masculin Gène, qui désigne un élément constitutif du chromosome, peut facilement s’employer au pluriel. Le nom féminin Gêne, qui désigne un sentiment de malaise, d’embarras, s’utilise presque exclusivement au singulier.
Étymologiquement, Gène vient d’une racine indo-européenne *gen-, *gon-, *gn qui traduit l’idée de naissance, de procréation : il appartient à une très grande famille dans laquelle on trouve, parmi tant d’autres, des mots formés avec les suffixes -gène et -génie, les noms générateur, général et gonade, les verbes dégénérer et engendrer, les adjectifs génial et généreux, les prénoms Eugène, Noël et René (les deux derniers étant dérivés du verbe latin nascor, « naître », dont la forme ancienne était gnascor) et deux ouvrages fondateurs de notre culture, La Genèse et La Théogonie.
Le terme Gêne, qui au xiiie siècle désignait les tortures infligées pour obtenir des aveux, est lui issu du bas francique *jehhjan, « dire, avouer ». La dureté des supplices était telle que, du xive au xvie siècle, on a dit et écrit gehenne, par rapprochement avec le nom géhenne, qui désigne les châtiments de l’enfer (ce dernier est issu de l’hébreu ge-Hinnom, « vallée de Hinom », vallée au sud de Jérusalem, où des enfants étaient offerts en sacrifice au dieu Moloch).
