Né à Meudon, le 3 juillet 1946. Après des études primaires à l’école communale de Meudon et secondaires au lycée international de Sèvres, il entre en classes préparatoires au lycée Condorcet (sous la férule de Daniel Gallois et Jean Beaufret) et intègre l’École normale supérieure (rue d’Ulm) en 1967, où il étudie avec Jacques Derrida et Louis Althusser jusqu’en 1971. Licence de lettres à Paris-Nanterre (1967) et de philosophie à la Sorbonne (1968), initiation à la théologie par Mgr Maxime Charles (puis Louis Bouyer et Jean Daniélou) et direction de la revue Résurrection de 1967 à 1973. Après l’agrégation de philosophie en 1971, il est nommé assistant auprès de Ferdinand Alquié (puis de Geneviève Rodis-Lewis) à la Sorbonne. Il y soutient ses doctorats de 3ecycle (1974) et d’État (1980) sur Descartes et devient le premier secrétaire scientifique du Centre d’études cartésiennes en 1973.
Nommé professeur à l’université de Poitiers en 1981, puis à l’université Paris X-Nanterre en 1988, il revient à l’université Paris-Sorbonne (Paris IV) en 1995 (jusqu’à son éméritat en 2012) pour occuper la chaire de métaphysique, précédemment illustrée par Claude Bruaire et Emmanuel Levinas. Il y devient directeur du Centre d’études cartésiennes et en assure le rayonnement international (en particulier aux États-Unis, en Italie et aux Pays-Bas). Il y organise et dirige l’École doctorale « Concepts et langages » de novembre 2001 à septembre 2004.
Durant cette période, il participe en 1975 à la fondation de l’édition francophone de la revue catholique internationale Communio (avec Jean Duchesne et Rémi Brague, en collaboration avec Hans Urs von Balthasar et Henri de Lubac), dont il reste rédacteur en chef pendant dix ans. Il reprend, en 1981, la direction de la collection « Épiméthée » (fondée aux PUF par Jean Hippolyte) qu’il dirige encore aujourd’hui et codirige la revue Les Études philosophiques (avec Vincent Carraud et Jean-François Courtine). Il participe, à partir de 1985, à la refondation des Archives Husserl de Paris à l’École normale supérieure (avec Didier Franck), où il donne un séminaire d’histoire de la philosophie consacré aux Meditationes de Descartes (1990-1994).
Parallèlement, il poursuit une carrière internationale comme titulaire de la chaire Cardinal-Mercier de l’Institut de philosophie de la Katholieke Universiteit Leuven (mars 1987), comme professeur invité à l’université « La Sapienza », Rome (1993, 2005, 2010), à l’université de Turin (fondation S. Paolo, novembre 2006), à Washington University, Saint Louis (septembre 1990), comme titulaire de l’Aquinas Lecture, University of Dallas (20 avril 1998), de l’Ingersoll Lecture, Havard Divinity School (octobre 1998), des Page-Barbor Lectures, University of Virginia (septembre-octobre 2008), des Marquette Lectures, Université Marquette (2013) et comme professeur invité à l’université Laval, Québec (1993, 1996), à Villanova University (2000), à Boston College (2001 et 2003), à Princeton University (2006), à Johns Hopkins University (2006, 2007, 2013) et aux universités romaines, Grégorienne, Angelicum et Letran, ainsi qu’à la Faculté de théologie de l’université de Genève (2018). ll fut aussi titulaire de la chaire « Étienne Gilson » de l’Institut catholique de Paris (décembre 2004) ainsi que de la chaire J. Ratzinger à l'université de Ratisbonne (2018). Il a enfin donné les Gifford lectures à l’université de Glasgow en 2014 (sous le titre « Giveness and Revelation »).
Depuis 1994, il enseigne régulièrement à l’université de Chicago (Philosophy Department, Committee for Social Thought, Divinity School) et, depuis 2004, y occupe la chaire qui fut longtemps celle de Paul Ricœur, puis, de 2011 à 2022, la « Andrew Thomas and Grace McNichols Greeley Chair ». Il a occupé aussi la chaire de recherche « Dominique Dubasle » de l’Institut catholique de Paris (2011-2016).Titulaire de la chaire H.-G. Gadamer, Boston College, 2023. Il est professeur émérite de l’université de Paris-Sorbonne (lettres) ainsi que de la Divinity School de l’université de Chicago.
Il est président de l’Istituto di Studi Filosofici Enrico Castelli de l’université « La Sapienza », Rome (depuis 2008) et membre de l’Institut international de philosophie et (depuis 2011) membre du Conseil pontifical pour la Culture.
Prix Charles Lambert de l’Académie des sciences morales et politiques pour L’Idole et la distance,1978.
Prix Henri Desmarest de l’Académie française pour Dieu sans l’être, 1982.
Grand Prix de philosophie de l’Académie française pour l’ensemble de son œuvre, 1992.
Docteur honoris causa de l’université d’Utrecht en 2006, de l’université nationale San-Martin (Buenos-Aires) en 2009, de Haveford College (États-Unis) en 2010, de l’université Peter Pasmany (Budapest) en 2011, des universités de Glasgow, de Iasi et Bucarest (Roumanie), de l’université « La Sapienza » (Rome) en 2013, de l’Australian Catholic University (Melbourne) en 2015.
Prix Karl Jaspers de l’université et de la ville de Heidelberg, 2008.
Grand Prix de la Humboldt Stiftung, Cologne, 2014.
Prix Prince Pierre, Monaco, 2018.
Prix de la Fondation Ratzinger (Vatican) en 2020.
Élu membre de l’Accademia dei Lincei (Rome) en 2009.
Élu membre correspondant de l’Academia Chilena de Sciencias Sociales, Politicas y Morales (Santiago du Chili) en 2015.
Membre étranger de l’Académie du Royaume du Maroc, 2022.
Élu à l’Académie française, le 6 novembre 2008, au fauteuil du cardinal Jean-Marie Lustiger (4e fauteuil), et reçu le 21 janvier 2010 par Mgr Claude Dagens.